Hiện nay, việc áp dụng Kế Toán Quản Trị (KTQT) vào công tác quản lý vẫn chưa được các doanh nghiệp quan tâm, chú trọng đúng mức, nhất là các doanh nghiệp có quy mô nhỏ và vừa và vẫn còn nhiều vấn đề tồn đọng như:
Tóm lại, đa phần các doanh nghiệp nhỏ và vừa nói chung, các doanh nghiệp khởi nghiệp Việt Nam nói riêng chưa quan tâm hoặc ít chú ý tới việc tổ chức bộ máy KTQT của mình. Hệ quả tất yếu là làm giảm sức cạnh tranh trên thị trường, ảnh hưởng đến sự tồn vong của doanh nghiệp.